پایه و فونداسیون سی و سه پل به گونه‌ای طراحی شده که استحکام آن تنها در رطوبت است و خشکی ادامه‌دار رودخانه در درازمدّت،امکان خطر برای سی‌وسه‌پل را بسیار فراوان می کند.انتقال آب زاینده رود به استان های خشک کشور مانند یزد و اجرای غیر اصولی این طرح باعث شد زاینده رود در اصفهان خشک و زمین های کشاورزی شرق اصفهان بر اثر بی آبی جان دهند.